Opis Badania

Porównawcza hybrydyzacja genomowa, CGH (ang. Comparative Genomic Hybridization) to metoda cytogenetyczna, która polega na detekcji utraty lub amplifikacji regionów chromosomowych na poziomie prążka chromosomowego bez konieczności prowadzenia hodowli komórkowej. Mikromacierze aCGH są powszechnie uznawane za standard dla analizy chromosomów w całym genomie. Porównawcza hybrydyzacja genomowa wykorzystuje proces “dwukolorowy” do mierzenia zmian liczby kopii DNA (CNC) w badanej próbce względem próbki referencyjnej. Rodzaj próbki wykorzystywanej jako kontrola odniesienia to próbka wzorcowa gDNA, tj. Human Reference DNA (Male and Female) zawarta w zestawie producenta do znakowania DNA. Informacje o liczbie kopii można wykorzystać do wizualizacji dużych lub małych aberracji chromosomowych, w tym bardzo małych segmentów DNA, takich jak jako mikrodelecje i mikroduplikacje. Pozwala to szybko skanować cały genom pod kątem braku równowagi. Badanie to zwiększa zasięg i rozdzielczość uzyskanych danych badawczych w porównaniu z tradycyjnymi technologiami, takimi jak cytogenetyczne badanie kariotypu, metoda FISH oraz tradycyjny CGH. Mikromacierze aCGH przygotowane dla ludzkiego genomu są konstruktami syntetyzowanymi in situ wyznakowanymi za pomocą dwóch barw, zawierającymi 60 oligonukleotydów. Szeroki zasięg sond pozwala profilować zmienność liczby kopii DNA w obrębie całego genomu, skupiając się jednak na znanych genach, promotorach, miRNA, regionach pseudoautosomalnych i telomerowych.

Porównawcza hybrydyzacja genomowa jest wykonywana z zastosowaniem mikromacierzy SurePrint G3 60K, analiza wyników wykonywana za pomocą programu CytoGenomics 4.0.3.12 (Agilent Technologies), stosując genom referencyjny GRCh37 (hg19). Podawane na wynikach nazwy genów są zgodne z zapisem HUGO Gene Nomenclature Committee (HGNC). Zapis wykrytych zmian wg ISCN 2016 (skrócony i szczegółowy). Mediana odległości między sondami wynosi ogółem 41 kbp, a w referencyjnych regionach genowych (RefSeqGene) 33 kbp, co odpowiada rozdzielczości diagnostycznej 100—125 kbp.